Juan José Hernández Arregui nació en la ciudad de Pergamino, el 29 de septiembre de 1913
Cuando contaba cinco años su familia se trasladó a Capital Federal. Al poco tiempo su padre abandonó la casa familiar y él y su madre se fueron a vivir a la casa de una tía.
Cursó Derecho en la Universidad de Buenos Aires.
Su iniciación política, siendo un adolescente, data de poco después de 1930: abrazó la causa antiimperialista y anticonservadora que no abandonadó.
En 1933, a los 19 años, se afilió a la Unión Cívica Radical (que en esa época poseía un ala yrigoyenista que era nacionalista). Escribió en los periódicos partidarios Debate, Doctrina Radical y La Libertad.
A fines de ese año (1933) falleció su madre, Patricia Arregui. Eso lo envolvió en una profunda congoja que lo llevó a mudarse lejos de la ciudad, al pueblo de Villa María en la provincia de Córdoba, a la casa del hermano de su madre, consiguiendo un empleo en la biblioteca Bernardino Rivadavia de esa ciudad.
En 1936, con la victoria de Amadeo Sabattini a la gobernación de la provincia de Córdoba, Hernández Arregui fue nombrado secretario de la Universidad Popular Víctor Mercante.
En 1938, a los 24 años, se mudó a Córdoba capital, donde consiguió trabajo en el Boletín Oficial de la provincia, y también en el diario Debate. Mas tarde se casó con Odilia Giraudo, una maestra de 20 años que lo acompañará toda su vida. Ese año ingresó en la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional de Córdoba, en la que tuvo como principal maestro al filósofo italiano Rodolfo Mondolfo.
En 1944, cuando contaba 31 años, se doctoró con la tesis Las bases sociológicas de la cultura griega, por la que obtuvo el Diploma de Honor y la Medalla de Oro.
En 1947, durante la presidencia de Juan Domingo Perón, Hernández Arregui renunció al Partido Radical y comenzó su aproximación al Partido Peronista. Se mudó desde Córdoba a la ciudad de La Plata y de la mano del intelectual Arturo Jauretche ingresó como funcionario en el gobierno bonaerense de Domingo Mercante como director de Publicaciones y Prensa del Ministerio de Hacienda. En 1948 obtuvo el puesto de profesor adjunto de Historia en la Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación de la Universidad Nacional Eva Perón (actual Universidad Nacional de La Plata) y en la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad de Buenos Aires. Con la salida de Mercante del gobierno provincial, Juan José Hernández Arregui se trasladó a la ciudad de Buenos Aires, donde se «refugió en el medio universitario», manteniendo el cargo en la Universidad Nacional de la Plata ocupando además la dirección del Instituto de Historia. Hasta el golpe de estado de 1955 también tenía un programa en Radio del Estado, «donde reseñaba libros y comentaba actividades culturales».
En 1955, con el golpe de Estado de la dictadura autoproclamada Revolución «Libertadora», Hernández Arregui fue expulsado, por sus ideas políticas, de todos sus puestos en la universidad. Hernández Arregui se concentró en la labor universitaria, fundamentalmente como director del Instituto de Historia de la Universidad Nacional de La Plata, mientras practicaba el periodismo en la vieja Radio del Estado con programas culturales. Permaneció brevemente en el exilio.
En 1957, bajo un ambiente opresivo en medio de fusilamientos y con el peronismo proscripto, durante la dictadura de Pedro Eugenio Aramburu, Hernández Arregui escribió sus obras más importantes, convirtiéndose en el ideólogo más leído por las organizaciones que combatieron en la resistencia peronista hasta el regreso del general Perón al poder.
En 1963, tras recibir un ejemplar de su libro ¿Qué es el ser nacional?, el presidente Juan Domingo Perón le escribió una carta:
"...He leído sus anteriores obras Imperialismo y cultura y La formación de la conciencia nacional, que representan dos jalones de la cultura sociológica argentina, hasta entonces servida en su mayoría por vendepatrias y cipayos. Le considero a usted el mejor escritor argentino de la actualidad [...] Muchas gracias por todo. Le ruego que acepte, con mi admiración y el saludo más afectuoso, un gran abrazo"
En 1964, Hernández Arregui lanzó el movimiento Cóndor junto con otros intelectuales. El 19 de octubre de 1972 sufrió un atentado político en su domicilio: un comando antiperonista hace estallar 2 kg de gelinita en su departamento. Juan José Hernández Arregui salvó su vida porque se encontraba en una habitación interior, pero su esposa, Odilia Giraudo de Hernández, resulta herida y es internada.
Un año después, en 1973, Hernández Arregui (con 60 años) fue distinguido como «profesor emérito» de la Universidad de Buenos Aires. Con el regreso de la democracia, en 1974 dirigió la revista Peronismo y Liberación.
Tras la muerte de Perón, el 1 de julio de 1974, la Triple A puso una bomba en su casa de la calle Guise (en el barrio de Palermo, en Buenos Aires) que solamente produce daños materiales. En septiembre de 1973, su nombre apareció en una lista de «condenados» de la Triple A (Alianza Anticomunista Argentina, que se autodenominaba «peronista» y algunos tontos lo creyeron). Con su mujer optaron por huir a una ciudad del interior para luego partir al exilio. Como tenía afinidad política y de amistad con una familia Eliçagaray, se mudaron a la casa de ellos, en la ciudad balnearia de Mar del Plata. Días después, el 22 de septiembre de 1973, lo sorprendió la muerte al darle un infarto y falleció, cuando contaba 60 años de edad.
Dos años después, toda la familia Elizagaray sería diezmada por la dictadura cívico-militar argentina (1976-1983).

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